[Bug]: skill 同步只读 SKILL.md，带 scripts/ 等附属资产的 skill bundle 同步后会丢失子目录

[linmomo]

What happened?

import / share-all 流程把 skill 当成单文件 SKILL.md 处理。当 skill 目录下还有 scripts/、lib/、AGENTS.md 等附属资产（这是 Anthropic Skills 标准 + 社区惯例的常见结构），同步过程中：

1. Plexus personal store 只接收 SKILL.md，附属目录被丢弃
2. Plexus 把 source agent 的真目录替换成 symlink 指向 personal store（store 里仅有 SKILL.md），用户原始目录里的 scripts/ 等被当场覆盖删除
3. 取消勾选目标 agent 时，Plexus 删除该 agent 下的 symlink，但 personal store 已经只有 SKILL.md，回不去原始 bundle

实际遭遇：一个带 4 个 wrapper（prepare_run.sh/mark.sh/stop.sh/status.sh）+ lib/ 子目录（含 prepare.sh/loop.sh/analyze.py/discover.sh）的 skill，在一次同步操作后整个 scripts/ 目录消失，无法从 Plexus snapshot 恢复（snapshot 只覆盖 MCP 文件，不含 skills）。

Expected behavior

1. import 时整个 skill 目录递归拷贝到 personal store（含 SKILL.md 同级文件、子目录如 scripts/、AGENTS.md 等）
2. 写入 agent native dir 前的 snapshot 应覆盖 skills 目录改动，不只限于 MCP 文件（可考虑 tar.gz 整目录归档）
3. 真目录被替换为 symlink 之前，先 mv 到 backup 目录保留原始 bundle

Steps to reproduce

# 1. 准备一个 skill bundle，含 SKILL.md 和子目录
mkdir -p ~/.cursor/skills/demo/scripts/lib
echo '---\nname: demo\ndescription: demo skill\n---\nbody' > ~/.cursor/skills/demo/SKILL.md
echo '#!/bin/bash' > ~/.cursor/skills/demo/scripts/run.sh
echo '#!/bin/bash' > ~/.cursor/skills/demo/scripts/lib/helper.sh

# 2. 启动 Plexus dashboard，在 Skills 表 cursor 列勾选 demo 同步到其他 agent
# 3. 检查
ls ~/.config/plexus/personal/skills/demo/        # 只有 SKILL.md
ls ~/.cursor/skills/demo/                        # 真目录被替换成 symlink，scripts/ 不可达

Environment

• OS: macOS 25.3.0 (Darwin)
• Node: v24.13.0
• Plexus: v0.0.7（v0.0.8 路径修复后 bundle 处理逻辑相同）
• Agent: cursor / claude / gemini

建议补丁方向

• packages/core/src/import/from-agents.ts 的 readNativeSkillsFromAgent 不只读 SKILL.md，应整目录递归
• packages/core/src/store/skills.ts 的写入逻辑应保留全部子文件
• snapshot 系统扩展到 skills 目录变更（关键，避免再次发生不可逆数据丢失）

Additional context

文档里其实提到了 "skills bundle"（README 「Skills」一栏写"Markdown skill bundle 链接或复制到各 agent 的 skill 目录"），但实现里把 bundle 当单文件处理。这个表达和实现的不一致是踩坑根源。