TBtree

pang gawa ng puno ng pag-uugnay (relationship tree) ng iba't ibang lahi ng mycobacterium tuberculosis
ito ay pang illumina paired-end reads lang

Paano gamitin?

• STEP 0: clone repository
  https://github.com/wewantsaul/TBtree.git
  pero kung meron na, wag na. kung meron na, punta ka sa loob:
  cd TBtree
• STEP 1: activate nextflow environment
  conda activate nextflow-env
• STEP2: type mo lang to
  nextflow main.nf --reads <path/to/reads> --out_dir <name/of/directory>
  • <path/to/reads>: pinaglalagyan ng hilaw na basa
  • <name/of/directory>: pangalan ng karpeta (folder) - dito mapupunta lahat ng dokumento ng pagsasaliksik
• STEP3: kopyahin sa lokal mong kompyuter ang resultang karpeta
  • hanapin ang 06_iqtree sa loob ng karpeta
  • pagkabukas, hanapin ang file na mayroong *.treefile na format
  • hilain at ihulog (drag and drop) dito