MolecularDynamics

MD用の各種スクリプト置き場

• OpenMM
• GROMACS
• Amber (pmemd, AmberTools)

参考文献

• OpenMM
  • MD計算のためのオープンソースソフトウェアをさらっと
  • OpenMMをステップバイステップで
    • Part10まで存在。現行コードの根幹となっている。
  • OpenMM
  • openmmforcefields
• GROMACS
  • In silico創薬を論文に沿ってフォローする
    • 現行コードの根幹となっている。
  • GROMACS Documentation
• Amber
  • アカデミックライセンス無償化が2023年なので易しいドキュメントは少ない...。
  • Amber Manual
  • Amber Tutorial

experimentディレクトリの概要

• nemoto ( Shumpei Nemoto )
  • 240612_tutorial: 参考文献を引用したタンパク質のみのMD
  • 240613_tutorial_ligand: 参考文献を引用したタンパク質-リガンドドッキングのMD
  • 240625_hsp90: 自ら用意したタンパク質-リガンドでのMD
  • 240704_hdac2: 金属を含んだタンパク質に対するドッキング
• lzh ( Takuho Ri (Zehao Li) )
  • 250607_amber_testrun: Amberを用いたHDAC2+vorinostat(7zzs)のMD/MMPBSA
    • xleapによる前処理（力場適用）後にHDAC2のbinding siteが消失していたため、要再検討