Discovery-Zero-v2

Discovery Zero 是一个面向开放问题探索的数学发现系统。系统用“推理超图”统一表示命题、推理步骤、验证结果，并通过信念传播驱动下一步探索。

1. 项目结构

• src/discovery_zero/：核心源码
  • graph/：图模型、注入、推理适配
  • planning/：MCTS/编排/桥接规划
  • tools/：LLM、Lean、实验等工具封装
• src/gaia_bp/：内置的 Gaia 信念传播引擎（从 Gaia 仓库 vendor 并扩展）
• libs/：推理兼容层（inference_v2/ shim、graph_ir/、storage/、embedding）
• tests/：测试用例
• evaluate/：基准 case 与 suite 配置
• lean_workspace/：Lean 工程（源码保留，构建产物已移除）
• scripts/：Lean 安装与环境脚本
• docs/：设计与架构文档

2. 环境要求

• Python >= 3.12
• 仓库已内置 Gaia 依赖组件（无需额外 Gaia 仓库）
• 若使用 LLM 功能，需要可用的 LiteLLM 兼容网关

3. 安装

cd /personal/Discovery-Zero-v2
pip install -e ".[dev]"

运行前请设置：

export PYTHONPATH="$(pwd)/src:$(pwd):$PYTHONPATH"

4. 快速使用

4.1 查看 CLI

dz --help

4.2 初始化一个超图

dz init --path graph.json

4.3 运行测试

pytest -v --tb=short
# 或
make test

4.4 运行基准

python scripts/run_benchmark_suite.py --suite evaluate/suite.json

5. Lean 环境

推荐命令：

make lean-ready

常用命令：

make lean-ready     # 一键安装并初始化 Lean（推荐）
make lean-verify    # 在 lean_workspace 执行 lake build

6. LLM 配置

请复制并填写环境变量：

cp .env.example .env

最小配置项：

• LITELLM_PROXY_API_BASE
• LITELLM_PROXY_API_KEY
• DISCOVERY_ZERO_LLM_MODEL（可选）

注意：仓库中不应提交真实密钥。

7. 协作开发约定

• 功能代码放在 src/discovery_zero/，避免把实验产物写入仓库。
• 新增能力需补充对应测试到 tests/。
• 中间运行数据统一放本地工作目录，不提交 evaluate/workspaces/runs/。
• 提交前建议执行：

pytest -q

8. 研究流程指南

完整的从零跑通指南见 docs/WALKTHROUGH_ZH.md，以同手性机制（Homochirality）这一真实案例为范例，覆盖：

• 环境配置 → Case 设计 → 运行探索 → 解读产物
• 真实实验记录分析（evaluate/workspaces/runs/homochirality_showcase/）
• 自定义研究问题模板

9. Showcase：同手性机制发现

仓库包含一份完整的真实实验记录（evaluate/workspaces/runs/homochirality_showcase/20260328T013808Z/），展示 Discovery Zero 对"前生物同手性起源"这一开放问题的自主探索过程。系统发现了 浓度坡道分岔（CRB）机制，最终 belief 达到 0.815。

详见 PAPER_HOMOCHIRALITY.md 和 run_01/ 目录下的完整 LLM 交互记录。

10. 系统鲁棒性

Discovery-Zero-v2 在以下方面经过工业级加固：

• BP 纯度：软证据仅修改 prior，belief 由 Gaia BP 引擎计算；分解边作为 SOFT_IMPLICATION 参与 BP
• MCTS 异常安全：单次迭代异常不会丢失图状态，自动恢复并继续下一轮
• 信号处理：SIGTERM/SIGHUP 双信号优雅终止，保证 summary.json 在所有终止场景下生成
• LLM 流式追踪：准确统计实际文本字节（排除 SSE 元数据和 thinking token）
• Target 隔离检测：当目标节点连续多轮无入边时自动强制探索

详见 docs/ARCHITECTURE_ZH.md §11 "2026-03-31 工业级加固"。

11. 当前仓库清理说明

本仓库已移除以下内容以便协作与推送：

• 中间运行数据（evaluate/workspaces/runs/，showcase 除外）
• 生成报告（evaluate/workspaces/reports/）
• 缓存与构建产物（__pycache__/, .pytest_cache/, lean_workspace/.lake/）
• 敏感配置（.env）
• 内部 AI 辅助上下文文件